/usr文件系统
/usr 是个很重要的目录，通常这一文件系统很大，因为所有程序安装在这里。/usr 里的所有文件一般来自l i n u x发行版( d i s t r i b u t i o n )；本地安装的程序和其他东西在/usr/local 下，因为这样可以在升级新版系统或新发行版时无须重新安装全部程序。/usr 目录下的许多内容是可选的，但这些功能会使用户使用系统更加有效。/ u s r可容纳许多大型的软件包和它们的配置文件。下面列出一些重要的目录(一些不太重要的目录被省略了)。
1. /usr/x11r6
包含x wi n d o w系统的所有可执行程序、配置文件和支持文件。为简化x的开发和安装，x的文件没有集成到系统中。x wi n d o w系统是一个功能强大的图形环境，提供了大量的图形工具程序。用户如果对microsoft wi n d o w s或m a c h i n t o s h比较熟悉的话，就不会对x wi n d o w系统感到束手无策了。
2. /usr/x386
类似/ u s r / x 11r6 ，但是是专门给x 11 release 5的。
3. /usr/bin
集中了几乎所有用户命令，是系统的软件库。另有些命令在/bin 或/usr/local/bin 中。
4. /usr/sbin
包括了根文件系统不必要的系统管理命令，例如多数服务程序。
5. /usr/man、/ u s r / i n f o、/ u s r / d o c
这些目录包含所有手册页、g n u信息文档和各种其他文档文件。每个联机手册的“节”都有两个子目录。例如： / u s r / m a n / m a n 1中包含联机手册第一节的源码(没有格式化的原始文件)，/ u s r / m a n / c a t 1包含第一节已格式化的内容。l联机手册分为以下九节：内部命令、系统调用、库函数、设备、文件格式、游戏、宏软件包、系统管理和核心程序。
6. /usr/include
包含了c语言的头文件，这些文件多以. h结尾，用来描述c语言程序中用到的数据结构、子过程和常量。为了保持一致性，这实际上应该放在/usr/lib 下，但习惯上一直沿用了这个名字。
7. /usr/lib
包含了程序或子系统的不变的数据文件，包括一些s i t e - w i d e配置文件。名字l i b来源于库(library); 编程的原始库也存在/usr/lib 里。当编译程序时，程序便会和其中的库进行连接。也有许多程序把配置文件存入其中。
8. /usr/local
本地安装的软件和其他文件放在这里。这与/ u s r很相似。用户可能会在这发现一些比较大的软件包，如t e x、e m a c s等。
/var文件系统
/var 包含系统一般运行时要改变的数据。通常这些数据所在的目录的大小是要经常变化或扩充的。原来/ v a r目录中有些内容是在/ u s r中的，但为了保持/ u s r目录的相对稳定，就把那些需要经常改变的目录放到/ v a r中了。每个系统是特定的，即不通过网络与其他计算机共享。
下面列出一些重要的目录(一些不太重要的目录省略了)。
1. /var/catman
包括了格式化过的帮助( m a n )页。帮助页的源文件一般存在/ u s r / m a n / m a n中；有些m a n页可能有预格式化的版本，存在/ u s r / m a n / c a t中。而其他的m a n页在第一次看时都需要格式化，格式化完的版本存在/var/man 中，这样其他人再看相同的页时就无须等待格式化了。
(/var/catman 经常被清除，就像清除临时目录一样。)
2. /var/lib
存放系统正常运行时要改变的文件。
3. /var/local
存放/usr/local 中安装的程序的可变数据(即系统管理员安装的程序)。注意，如果必要，即使本地安装的程序也会使用其他/var 目录，例如/var/lock 。
4. /var/lock
锁定文件。许多程序遵循在/var/lock 中产生一个锁定文件的约定，以用来支持他们正在使用某个特定的设备或文件。其他程序注意到这个锁定文件时，就不会再使用这个设备或文件。
5. /var/log
各种程序的日志( l o g )文件，尤其是login (/var/log/wtmp log纪录所有到系统的登录和注销) 和syslog (/var/log/messages 纪录存储所有核心和系统程序信息)。/var/log 里的文件经常不确定地增长，应该定期清除。
6. /var/run
保存在下一次系统引导前有效的关于系统的信息文件。例如， /var/run/utmp 包含当前登录的用户的信息。
7. /var/spool
放置“假脱机( s p o o l )”程序的目录，如m a i l、n e w s、打印队列和其他队列工作的目录。每个不同的s p o o l在/var/spool 下有自己的子目录，例如，用户的邮箱就存放在/var/spool/mail 中。
8. /var/tmp
比/tmp 允许更大的或需要存在较长时间的临时文件。
注意系统管理员可能不允许/var/tmp 有很旧的文件。
/proc文件系统
/proc 文件系统是一个伪的文件系统，就是说它是一个实际上不存在的目录，因而这是一个非常特殊的目录。它并不存在于某个磁盘上，而是由核心在内存中产生。这个目录用于提供关于系统的信息。下面说明一些最重要的文件和目录(/proc 文件系统在proc man页中有更详细的说明)。
1. /proc/x
关于进程x的信息目录，这一x是这一进程的标识号。每个进程在/proc 下有一个名为自己进程号的目录。
2. /proc/cpuinfo
存放处理器( c p u )的信息，如c p u的类型、制造商、型号和性能等。
3. /proc/devices
当前运行的核心配置的设备驱动的列表。
4. /proc/dma
显示当前使用的d m a通道。
5. /proc/filesystems
核心配置的文件系统信息。
6. /proc/interrupts
显示被占用的中断信息和占用者的信息，以及被占用的数量。
7. /proc/ioports
当前使用的i / o端口。
8. /proc/kcore
系统物理内存映像。与物理内存大小完全一样，然而实际上没有占用这么多内存；它仅仅是在程序访问它时才被创建。(注意：除非你把它拷贝到什么地方，否则/proc 下没有任何东西占用任何磁盘空间。)
9. /proc/kmsg
核心输出的消息。也会被送到s y s l o g。
10. /proc/ksyms
核心符号表。
11. /proc/loadavg
系统“平均负载”； 3个没有意义的指示器指出系统当前的工作量。
12. /proc/meminfo
各种存储器使用信息，包括物理内存和交换分区( s w a p )。
13. /proc/modules
存放当前加载了哪些核心模块信息。
14. /proc/net
网络协议状态信息。
15. /proc/self
存放到查看/proc 的程序的进程目录的符号连接。当2个进程查看/proc 时，这将会是不同的连接。这主要便于程序得到它自己的进程目录。
16. /proc/stat
系统的不同状态，例如，系统启动后页面发生错误的次数。
17. /proc/uptime
系统启动的时间长度。
18. /proc/version
核心版本。