(1) 打开php的安全模式
php的安全模式是php内嵌的安全机制，能够控制一些php中的函数，比如system()，同时对很多文件操作函数进行了权限控制，也不允许对某些关键文件的文件，比如/etc/passwd，
但是默认的php.ini是没有打开安全模式的。
打开方法：
safe_mode = on
(2) 用户组安全
当safe_mode打开时，safe_mode_gid被关闭，那么php脚本能够对文件进行访问，而且相同组的用户也能够对文件进行访问。
建议设置为：
safe_mode_gid = off
如果不进行设置，可能无法对服务器网站目录下的文件进行操作。
(3) 安全模式下执行程序主目录
如果安全模式打开了，但是却是要执行某些程序时，可以指定要执行程序的主目录：
safe_mode_exec_dir = D:/usr/bin
推荐不要执行系统程序目录，可以指向一个目录，然后把需要执行的程序拷贝过去，比如：
safe_mode_exec_dir = D:/tmp/cmd
推荐不要执行任何程序，指向网页目录：
safe_mode_exec_dir = D:/usr/www
(4) 安全模式下包含文件
如果要在安全模式下包含某些公共文件，修改选项：
safe_mode_include_dir = D:/usr/www/include/
这个可以根据具体需要设置。
(5) 控制php脚本能访问的目录
使用open_basedir选项能够控制PHP脚本只能访问指定的目录，这样能够避免PHP脚本访问
不应该访问的文件，一定程度上限制了phpshell的危害，一般可以设置为只能访问网站目录：
open_basedir = D:/usr/www
(6) 关闭危险函数
如果打开了安全模式，那么函数禁止是可以不需要的，但是我们为了安全还是考虑进去。比如，觉得不希望执行包括system()等在那的能够执行命令的php函数，或能够查看php信息的
phpinfo()等函数，那么禁止它们：
disable_functions = system,passthru,exec,shell_exec,popen,phpinfo
如果要禁止任何文件和目录的操作，那么可以关闭很多文件操作
disable_functions = chdir,chroot,dir,getcwd,opendir,readdir,scandir,fopen,unlink,delete,copy,mkdir, rmdir,rename,file,file_get_contents,fputs,fwrite,chgrp,chmod,chown
以上只是列了部分不叫常用的文件处理函数，你也可以把上面执行命令函数和这个函数结合，就能够抵制大部分的phpshell了。
(7) 关闭PHP版本信息在http头中的泄漏
为了防止黑客获取服务器中php版本的信息，可以关闭该信息斜路在http头中：
expose_php = Off
比如黑客在 telnet [url]www.12345.com[/url] 80 时，那么将无法看到PHP的信息。
(8) 关闭注册全局变量
在PHP中提交的变量，包括使用POST或者GET提交的变量，都将自动注册为全局变量，能够直接访问，
这是对服务器非常不安全的，所以我们不能让它注册为全局变量，就把注册全局变量选项关闭：
register_globals = Off
当然，如果这样设置了，那么获取对应变量时就要采用合理方式，比如获取GET提交的变量var，那么就要用$_GET['var']来进行获取。
(9) 打开magic_quotes_gpc来防止SQL注入
SQL注入是非常危险的问题，小则网站后台被入侵，重则整个服务器沦陷，
所以一定要小心。php.ini中有一个设置：
magic_quotes_gpc = Off
这个默认是关闭的，如果它打开后将自动把用户提交对sql的查询进行转换，比如把 ' 转为 '等，这对防止sql注射有重大作用。所以我们推荐设置为：
magic_quotes_gpc = On
(10) 错误信息控制
一般php在没有连接到数据库或者其他情况下会有提示错误，一般错误信息中会包含php脚本当
前的路径信息或者查询的SQL语句等信息，这类信息提供给黑客后，是不安全的。
一般服务器建议禁止错误提示：
display_errors = Off
如果要显示错误信息，一定要设置显示错误的级别，比如只显示警告以上的信息：
error_reporting = E_WARNING & E_ERROR
建议关闭错误提示。
(11) 错误日志
建议在关闭display_errors后能够把错误信息记录下来，便于查找服务器运行的原因：
log_errors = On
同时也要设置错误日志存放的目录，建议根apache的日志存在一起：
error_log = D:/usr/local/apache2/logs/php_error.log
注意：给文件必须允许apache用户的和组具有写的权限。
MYSQL的降权运行
新建立一个用户比如mysqlstart
不属于任何组
如果MYSQL装在d:mysql ，那么，给 mysqlstart 完全控制的权限。然后，在系统服务中设置，MYSQL的服务属性，在登录属性当中，选择此用户 mysqlstart 然后输入密码，确定。
重新启动 MYSQL服务，然后MYSQL就运行在低权限下了。
如果是在windos平台下搭建的apache，一定要注意apache默认运行是system权限，此时务必给apache降权运行：
创建一个不属于任何组的用户apache。
打开计算机管理器，选择“服务”，点apache服务的属性，选择log on，选择this account，填入上面所建立的账户和密码，重启apache服务即可。
还可以通过设置各个文件夹的权限，让apache用户只能执行有限的操作，给每一个目录建立一个单独能读写的用户。
有关php.ini文件中的安全选项的配置就介绍这些了，程序的安全丝毫不容放松，建议大家在实际的php编程中，养成良好的安全编程习惯。