因为MySQL密码存储于数据库mysql中的user表中，所以只需要将我windows 2003下的MySQL中的user表拷贝过来覆盖掉就行了。
在c:mysqldatamysql(linux 则一般在/var/lib/mysql/mysql/)目录下有三个user表相关文件user.frm、user.MYD、user.MYI
user.frm //user表样式文件
user.MYD //user表数据文件
user.MYI //user表索引文件
为保险起见，三个都拷贝过来，不过其实如果之前在要恢复的那个MySQL上没有更改过表结构的话，只要拷贝user.MYD就行了
然后
#. /etc/rc.d/init.d/mysql stop
#. /etc/rc.d/init.d/mysql start
#mysql -u root -p XXXXXX
好了，可以用windows 2003下mysql密码登陆了
mysql>use mysql
mysql>update user set Password=PASSWORD('xxxxxx') where User='root';
这时候会出错，提示user表只有读权限
原因，只这样的，因为user.*文件的权限分配是windows 2003下的，在windows 2003下我ls -l一看权限是666
在 linux下我一看，拷过来后权限变成了600(其实正常情况下600就行了，只不过这里的文件属主不是mysql，拷过来后的属主变为了root,所以 会出现权限不够，这时候如果你改成权限666则可以了，当然这样不好，没有解决问题的实质)，在/var/lib/mysql/mysql/下ls -l看了一下
再
重起一下MYSQL 重新连接
注意:如果你windows 下mysql如果是默认配置的话，注意要还要执行
好了，到这里恢复密码过程就完成了
这个方法么就是有点局限性，你必须也具备另外的user表文件
其他还有几种方法
其它方法一(这个是网上流传较广的方法,mysql中文参考手册上的)
1. 向mysqld server 发送kill命令关掉mysqld server(不是 kill -9),存放进程ID的文件通常在MYSQL的数据库所在的目录中。
必须是UNIX的root用户或者是你所运行的SERVER上的同等用户，才能执行这个操作。
2. 使用`--skip-grant-tables' 参数来启动 mysqld。 LINUX下：
3. 然后无密码登录到mysqld server ，
。也可以这样做：
4. 载入权限表：
5.
6.用新密码登陆
其它方法二
直接用十六进制编辑器编辑user.MYD文件
说明一点，这里编辑时发现个问题，加密的密码串有些是连续存储的，有些的最后两位被切开了，后两位存储在后面其他地方.这一点我还没 想明白.还有注意一点就是编辑的是加密过的密码串，也就是说你还是需要另外有user表文件。这种方法和我最上面介绍的方法的区别在于，这种方法直接编辑 linux下的user表文件，就不需要重新改文件属主和权限了
修正一下：在Windows下的实际操作如下
1.关闭正在运行的MySQL。
2.打开DOS窗口，转到mysqlbin目录。
3.输入
mysqld-nt --skip-grant-tables
回车。如果没有出现提示信息，那就对了。
4.再开一个DOS窗口（因为刚才那个DOS窗口已经不能动了），转到mysqlbin目录。
5.输入mysql回车，如果成功，将出现MySQL提示符 >
6. 连接权限数据库
6.改密码：
7.刷新权限（必须的步骤）
8.退出
9.注销系统，再进入，开MySQL，使用用户名root和刚才设置的新密码123456登陆。
据说可以用直接修改user表文件的方法：
关闭MySQL，Windows下打开Mysqldatamysql，有三个文件user.frm,user.MYD,user.MYI找个知道密码的MySQL，替换相应的这三个文件，如果user表结构没改过，一般也没人去改，替换user.MYD就可以了。
还可以直接编辑user.MYD，找个十六进制编辑器，UltraEdit就有这个功能。关闭MySQL，打开user.MYD。将用户名root后面的八 个字符改为565491d704013245，新密码就是123456。或者将它们对应的十六进制数字，（左边那里，一个字符对应两个数字），改为 00 02 02 02 02 02 02 02,这就是空密码，在编辑器右边看到的都是星号*，看起来很象小数点。
重开MySQL，输入root和新密码。